- Tim Karya Ilmiah Remaja (KIR) adalah organisasi siswa yang memiliki kegiatan untuk melakukan penelitan-penelitian (inovasi) dan penulisan karya ilmiah.
- Tim Jurnalistik SMA Negeri 1 Muntilan adalah organisasi siswa unggulan yang memiliki tujuan untuk melatih kreativitas dalam bidang sastra dan jurnalistik. Tim Jurnalistik SMA Negeri 1 Muntilan memiliki motto "Verba Volant Scripta Manent". Tim Jurnalistik memiliki tugas pula untuk mempublikasikan karya-karya para siswa di majalah Dimensi. Majalah Dimensi sejak edisi 44 sudah dilengkapi dengan ISSN. Majalah Dimensi saat ini sudah mencapai edisi 47 dan 48. Pembina Tim Jurnalistik adalah Dra. Puji Handayani, M.Pd.