1. ROHIS
Rohis adalah organisasi Islam yang bertugas menjalankan sistem kegiatan-kegiatan yang berhubungan dengan ajaran Islam di SMA Negeri 1 Muntilan. Kantor Rohis berada di masjid SMA Negeri 1 Muntilan.
Daftar Ketua Umum ROHIS:
Tahun 2015/2016 : Muhammad Kholis Fikri
Tahun 2016/2017 : Fitradi Rizki Nugraha
2. ROKHA
Rokha adalah organisasi Nasrani yang bertugas menjalankan sistem kegiatan-kegiatan yang berhubungan dengan ajaran Nasrani di SMA Negeri 1 Muntilan. Kantor Rokha berada di ruang pelajaran agama Nasrani.