SMA Negeri 1 Muntilan memiliki kegiatan ekstrakurikuler yang beragam untuk menampung bakat dan minat para siswanya. Kegiatan ekstrakurikuler tersebut antara lain :
Pendidikan dan Riset
- English for Tourism (EFT)
- Kelompok Ilmiah Remaja (KIR)
Desain grafis
- Seni
- Tari
- Teater
- Paduan Suara
Olahraga
- Sepak bola
- Futsal
- Basket
Semi Militer
- Pramuka
- Pecinta alam
- Upacara dan Baris-berbaris (PBB/TUB)
Sosial
- Jurnalistik
- Palang Merah Remaja